استخرها بعلت اینكه در یك مدت زمان محدود به طور همزمان مورد استفاده تعداد زیادی از افراد قرار می‌ گیرند همیشه با مسائل و خطرات بهداشتی همراه می‌باشند. چنانچه منبع تأمین كننده آب استخر كاملاً سالم هم باشد، ورود حتی مقادیر جزیی باكتریهای پاتوژن (بیماریزا) توسط شناگران احتمال خطر عفونت را به همراه دارد. از بین بیماری های منتقله از طریق شنا می‌توان به تب تیفوئید، دیسانتری، تراخم لیپتوسپیروزیس، كرمهای حلقوی، عفونت‌های پوستی، خارش شناگران، عفونت سینوسها، عفونت گوش و گلو اشاره كرد.به منظور پیش گیری از بیماری ها، ضرورت دارد که شناگران به دستورات و نکات بهداشتی زیر توجه کنند: شناگران موظف هستند که قبل از ورود به استخر، بدن خود را با آب گرم و صابون بشویند. همچنین بعد از استفاده از آب استخر همین عمل را انجام دهند تا از آلودگی های احتمالی پیش گیری به عمل آید. قبل از ورود به استخر، حتما پاهای خود را در حوضچه ضد عفونی به مدت یک دقیقه قرار دهند. شناگران قبل از ورود به استخر، باید مثانه خود را تخلیه کنند. در صورت استفاده از توالت در محوطه استخر شنا، شناگر می باید قبل از ورود به استخر، بدن خود را با آب و صابون بشوید و از حوضچه کلر عبور کند. شنا گر از ورود به استخری که به طور کامل پر آب نیست و یا نجات غریق در محوطه نیست، خودداری کند. شناگران از بردن مواد غذایی، ظروف مختلف به ویژه شیشه به محوطه استخر خودداری کنند.هر شناگر باید دارای وسایل اختصاصی شنای تمیز باشد.بعضی از پارامترهای شیمیایی، فیزیكی و بیولوژیكی كه در كیفیت آب استخرهای شنا مورد توجه می‌باشند عبارتند از :PH آب استخر  : PH درجه اسیدی و بازی آب را نشان می‌دهد. PH مناسب آب استخرهای شنا بین 8-2/7 توصیه شده است. خورندگی سطوح، ایجاد لك، تحریك و سوزش چشم و پوست شناگران از اثرات PH پایین و رسوب‌گذاری، كاهش كارایی كلر برای گندزدایی، كدر شدن آب استخر (حالت ابری)، تحریك و سوزش چشم و پوست از اثرات PH بالا در آب استخرهای شناست.در استخرهای سرپوشیده، كنترل دمای آب استخر و محیط آن (هوای استخر) دارای اهمیت است. توصیه می‌شود دمای هوای استخر حدود 3 درجه سانتیگراد گرمتر از دمای آب استخر باشد. دمای پیشنهاد شده برای  آب استخر برای استفاده عموم 27، درجه مطلوب 24-23 و در وضعیت ایده آل 28-26 درجه سانتیگراد می‌باشد.دما نباید بیشتر از 29 درجه باشد چرا كه شنا كردن در آبهای بالای 30 درجه ممكن است موجب وقفه تنفسی در فرد گردد.شفافیت از مهمترین ویژگیهای ظاهری آب استخرهای شنا می‌باشد و از جنبه‌های زیر حائز اهمیت است:

– عدم وجود ذرات معلق و كلوئیدی در آب استخر كه مانع تماس مستقیم و مناسب عامل گندزدا با میكروارگانیسم‌ها می‌شود.

– افراد قادر خواهند بود عمق آب استخر را تخمین بزنند و از وجود خطرات احتمالی به آسانی مطلع شوند و می‌توانند با اطمینان خاطر در آب استخر شنا نموده و شیرجه بزنند.

– ایجاد شرایط دلپذیر، خوشایند و مطلوب در آب استخر به همراه جنبه‌های زیبا شناختی برای استفاده‌كنندگان.شفافیت آب استخر باید به حدی باشد كه یك صفحه سیاه و سفید به قطر 15 سانتیمتر، در عمیق‌ترین نقطه استخر به راحتی دیده شود.

كیفیت میكروبی آب استخرهای شنا مهمترین عامل در استفاده سالم از استخر می‌باشد. اكثر میكروارگانیسم‌هایی كه در آب استخر یافت می‌شوند، خطرناك نیستند.به علاوه در فرآیند گندزدایی و تصفیه، تمامی میكروارگانیسم‌ها كه شامل باكتریها، ویروسها، جلبكها و قارچ‌ها می‌باشند نابود می‌شوند.مسئله عمده، آلودگی ثانویه ناشی از تماس ترشحات دهان، بینی، پوست و دفع ادرار می‌باشد. برای گندزدایی آب استخرهای شنا روشهای متعددی مانند استفاده از كلر، برم، ید، سیانورات‌های كلره و لامپ‌های اشعه ماوراء بنفش استفاده می‌شود. در حال حاضر كلر گزینه انتخابی برای گندزدایی آب استخرهاست. بخشی از كلر اضافه شده صرف اكسیداسیون مواد آلی و معدنی موجود در آب استخر شده و مابقی صرف گندزدایی آب استخر می‌شود. جهت اطمینان از گندزدایی آلودگی‌های ثانویه همواره باید مقداری كلر آزاد باقیمانده در آب وجود داشته باشد. توصیه می‌شود میزان كلر آزاد باقیمانده حداقل 6/0 میلی گرم در لیتر باشد. این میزان كلر در PH بین 6/7-2/7 باعث ایجاد نتایج باكتریولوژیكی رضایت بخش خواهد شد. اما عملاً بین 3-1 میلی گرم در لیتر كلر آزاد باقیمانده مورد نیاز است. چرا كه افزایش آلودگی‌های احتمالی به همراه نوسانات PH كه كارایی كلر را محدود می‌كند، نیاز به كلر بیشتر را ضروری می‌نماید.